La différence entre les trois micro-organismes pathogènes (capables de provoquer des maladies) les plus courants est la suivante :
Bactéries : organismes unicellulaires dépourvus de membranes nucléaires bien définies et d'autres parties fonctionnelles spécialisées, et se reproduisant par division cellulaire ou par spores. Les bactéries peuvent être des organismes libres ou des parasites.
Kyste : capsule ou sac protecteur produit par de nombreux protozoaires, ainsi que par certaines bactéries et algues, en préparation à l'entrée dans une phase de repos ou de reproduction spécialisée. Son diamètre est généralement compris entre 2 et 50 microns.
Virus : microbe parasite infectieux, composé presque entièrement d’acide nucléique, susceptible de provoquer une ou plusieurs maladies chez l’homme. Les virus ne peuvent se reproduire qu’à l’intérieur des cellules vivantes. Leur taille est de 0,004 à 0,1 micron, soit environ 100 fois celle des bactéries.
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